โบรูโตะ อุซึมากิ ในวัยรุ่น เผชิญหน้ากับคาวากิในวัยเดียวกัน ท่ามกลางซากปรักหักพังของหมู่บ้านโคโนฮะ โดยโบรูโตะเป็นฝ่ายเล่าเรื่องราวของตนเองย้อนกลับไป
โบรูโตะเป็นลูกชายของโฮคาเงะรุ่นที่เจ็ด นารูโตะ อุซึมากิ และภรรยาของเขา ฮินาตะ อุซึมากิ รวมถึงเป็นพี่ชายของฮิมาวาริ อุซึมากิ เขารู้สึกโกรธพ่ออย่างมากที่นารูโตะให้ความสำคัญกับหมู่บ้านมากกว่าครอบครัว ในช่วงเวลานั้น โบรูโตะได้เข้าเป็นสมาชิกทีมของนินจาที่นำโดย โคโนฮามารุ ซารุโทบิ ลูกศิษย์ของนารูโตะ ร่วมกับซาราดะ อุจิวะ ลูกสาวของซาสึเกะ อุจิวะ และซากุระ อุจิวะ และมิตสึกิ ลูกชายที่โอโรจิมารุสร้างขึ้นมาเทียม
ซาสึเกะกลับมายังหมู่บ้านเพื่อเตือนนารูโตะเกี่ยวกับภัยคุกคามที่กำลังจะมาถึง ซึ่งเกี่ยวข้องกับแรงจูงใจของคางุยะ โอสึสึกิ โบรูโตะขอให้ซาสึเกะฝึกฝนเขา เพื่อเตรียมตัวสำหรับการสอบจูนินและหวังจะทำให้พ่อยอมรับ ระหว่างการสอบ โมโมชิกิ และคินชิกิ โอสึสึกิ คู่หูที่ซาสึเกะเคยพบ ได้ลักพาตัวนารูโตะไป เพื่อใช้พลังของคุรามะ ปีศาจเก้าหางที่ถูกผนึกอยู่ในร่างของเขา ในการฟื้นฟูต้นไม้เทพเจ้าที่กำลังจะตายในมิติของพวกตน
โบรูโตะ ซาสึเกะ และคาเงะทั้งสี่จากหมู่บ้านนินจาอื่น ๆ ออกเดินทางไปช่วยนารูโตะ การต่อสู้จบลงเมื่อโมโมชิกิสละคินชิกิเพื่อเพิ่มพลังให้ตนเอง แต่สุดท้ายก็พ่ายแพ้ให้กับโบรูโตะด้วยความช่วยเหลือของนารูโตะและซาสึเกะ ก่อนตาย โมโมชิกิตระหนักถึงศักยภาพที่แท้จริงของโบรูโตะ เตือนเขาถึงความทุกข์ยากในอนาคต และมอบรอยปริศนาที่เรียกว่า “คาร์มะ” ให้
หลังจากฟื้นตัว โบรูโตะตัดสินใจว่าจะเดินเส้นทางแบบซาสึเกะในอนาคต คือเป็นผู้เฝ้ามองจากเงามืด ขณะเดียวกันก็ฝากความฝันในการเป็นโฮคาเงะรุ่นต่อไปไว้กับซาราดะ
ต่อมา โบรูโตะและพวกพ้องได้รู้จักองค์กรลับชื่อ “คาระ” ซึ่งกำลังตามหาผู้ที่มีเครื่องหมายคาร์มะ ทีมของโบรูโตะได้พบกับคาวากิ เด็กชายผู้หลบหนีจากคาระและมีคาร์มะเช่นกัน คาวากิได้กลายเป็นสมาชิกบุญธรรมของตระกูลอุซึมากิ อย่างไรก็ตาม ระหว่างพยายามปกป้องคาวากิ นารูโตะและซาสึเกะกลับพ่ายแพ้ให้กับผู้นำของคาระ คือจิเก็น ซึ่งผนึกนารูโตะไว้ ส่วนซาสึเกะหนีรอดมาได้
โบรูโตะและพวกช่วยนารูโตะออกมาได้ เมื่อคาร์มะของโบรูโตะทำให้เขาถูกโมโมชิกิเข้าครอบงำ ซาสึเกะค้นพบว่าผู้ใช้คาร์มะทุกคนจะถูกตระกูลโอสึสึกิเข้าควบคุมในที่สุด รวมถึงจิเก็นและโบรูโตะด้วย
ในขณะเดียวกัน เกิดการก่อกบฏภายในคาระ โคจิ คาชิน ซึ่งเป็นโคลนของจิไรยะ อาจารย์ผู้ล่วงลับของนารูโตะ ได้ท้าทายจิเก็น ส่วนอามาโดะเดินทางไปยังโคโนฮะเพื่อขอลี้ภัย โดยแลกกับข้อมูลสำคัญ เขาเปิดเผยว่าผู้นำที่แท้จริงของคาระคือ อิชชิกิ โอสึสึกิ ซึ่งสิงสู่ในร่างของจิเก็นมาตั้งแต่ถูกคางุยะหักหลังเมื่อหลายพันปีก่อน และคาร์มะคือวิธีที่โอสึสึกิใช้คืนชีพผ่านร่างโฮสต์
แม้โคจิจะสังหารจิเก็นได้ ทำให้อิชชิกิต้องคืนชีพอย่างไม่สมบูรณ์ และคาร์มะของคาวากิถูกลบไป แต่อิชชิกิก็ยังบีบให้โคจิถอยหนี และมุ่งหน้าไปโจมตีโคโนฮะ อิชชิกิพยายามตามหาคาวากิ แต่นารูโตะเข้าขวางหน้าและเตรียมสู้สุดชีวิต
โบรูโตะส่งตนเองและอิชชิกิไปยังอีกมิติหนึ่งเพื่อหลีกเลี่ยงความเสียหายต่อหมู่บ้าน โดยมีซาสึเกะและนารูโตะตามไป เนื่องจากโบรูโตะเป็นภาชนะของโมโมชิกิ อิชชิกิจึงตั้งใจจะนำเขาไปเป็นอาหารให้สิบหาง เพื่อปลูกต้นไม้เทพเจ้า นารูโตะใช้พลังใหม่ “โหมดบาริออน” เพื่อถ่วงเวลาอิชชิกิให้นานที่สุด
หลังจากโหมดบาริออนหมดลง อิชชิกิเอาชนะนารูโตะได้อย่างรวดเร็ว และตามหาคาวากิผ่านจักระของแขนเทียมของนารูโตะ ก่อนจะวาร์ปไปหาเขา แต่เนื่องจากอายุขัยที่ลดลงจากผลของโหมดบาริออน อิชชิกิก็เสียชีวิตในที่สุด
โมโมชิกิฉวยโอกาสนี้เข้าสิงโบรูโตะ และทำลายรินเนกันของซาสึเกะ ซาสึเกะและคาวากิร่วมมือกันต่อสู้กับโมโมชิกิ จนโบรูโตะกลับมาควบคุมร่างได้อีกครั้ง อย่างไรก็ตาม ผลจากโหมดบาริออนทำให้คุรามะเสียชีวิต
หลังจากอิชชิกิพ่ายแพ้ เขาขอให้โค้ด ผู้เฝ้าสิบหาง สืบทอดเจตจำนงของโอสึสึกิ โดยการสังเวยโบรูโตะหรือคาวากิ และกลายเป็นโอสึสึกิเอง โค้ดสาบานจะแก้แค้น และปลดปล่อยไซบอร์กที่แข็งแกร่งที่สุดสองคนที่อามาโดะสร้างไว้ คือ เอดะ และเดมอน
เอดะตกลงช่วยโค้ดสังหารนารูโตะ โดยมีเงื่อนไขว่าโค้ดต้องไว้ชีวิตคาวากิ เพื่อให้เธอได้มีความรักตามปกติ เนื่องจากพลังเสน่ห์ของเธอทำให้ไม่สามารถมีรักแท้ได้ ยกเว้นกับโอสึสึกิ อามาโดะมอบคาร์มะของอิชชิกิในรูปแบบอาวุธให้คาวากิ คาวากิใช้มันหลบหนีออกจากหมู่บ้าน แต่โบรูโตะสังเกตว่าเขาสามารถรับรู้จักระของคาวากิได้
เพื่อไม่ให้เสียคาวากิไป โบรูโตะจึงออกตามหา ขณะที่ระบบตรวจจับจับตาดูจักระของเขา โค้ดพบคาวากิในที่สุด และโบรูโตะต่อสู้กับเขาโดยใช้คาร์มะ พร้อมประสบการณ์นับพันปีของโมโมชิกิ แต่โมโมชิกิเข้าควบคุมร่างโบรูโตะอีกครั้ง บังคับให้คาวากิสังหารโบรูโตะต่อหน้านารูโตะ
โมโมชิกิคืนชีพโบรูโตะ โดยแลกกับการไม่สามารถเกิดใหม่ของตนเอง ทำให้โบรูโตะกลายเป็นโอสึสึกิอย่างสมบูรณ์ เอดะและเดมอนถูกเปิดเผยว่าถูกอามาโดะแก้โปรแกรม และหันมาต่อต้านโค้ด บังคับให้เขาต้องหลบหนี
อามาโดะเปิดเผยว่าพลังของเอดะและเดมอนคือ “ชินจุตสึ” ที่ถ่ายโอนมาจากศพของชิบาอิ โอสึสึกิ ผู้บรรลุความเป็นเทพและก้าวข้ามไปสู่อีกภพหนึ่ง เขานิยามชินจุตสึว่าเป็นพลังศักดิ์สิทธิ์ที่เหนือกว่านินจุตสึ และมีเพียงเทพเท่านั้นที่ใช้ได้ รวมถึงคาร์มะด้วย
หลังเหตุการณ์ทั้งหมด โมโมชิกิปรากฏในจิตใจของโบรูโตะ แสดงนิมิตที่เพื่อน ๆ ของเขาต้องต่อสู้กับเขาเอง คาวากิซึ่งสรุปว่าโบรูโตะในฐานะโอสึสึกิเต็มตัวอาจกลายเป็นภัย ได้ส่งนารูโตะและฮินาตะไปยังอีกมิติหนึ่ง พร้อมสัญญาว่าจะปล่อยพวกเขาหลังจากสังหารโบรูโตะและโอสึสึกิทั้งหมด
ในการต่อสู้ที่ตามมา โบรูโตะเผชิญหน้ากับคาวากิ และเสียตาขวาไปขณะปกป้องซาราดะ ซาสึเกะเข้ามาขัดขวาง แต่โมโมชิกิช่วยให้คาวากิหลบหนี คาวากิพบกับเอดะ ซึ่งใช้เนตรเซ็นริกันและพลัง “ออมนิโพเทนซ์” เขียนความทรงจำของทุกคนใหม่ ทำให้ตำแหน่งของโบรูโตะและคาวากิสลับกันถาวร และบังคับให้เอดะโกหกว่าโบรูโตะเป็นผู้ฆ่านารูโตะและฮินาตะ
มีเพียงซูมิเระ คาเคอิ และซาราดะเท่านั้นที่ไม่ได้รับผล ซาราดะปลุกเนตรมังเงเคียวชาริงกัน และสามารถโน้มน้าวให้ซาสึเกะเชื่อในความบริสุทธิ์ของโบรูโตะ หลังจากเอดะขอโทษในสิ่งที่ทำลงไป โบรูโตะจึงสาบานว่าจะทวงคืนทุกอย่างที่ถูกพรากไปจากเขา
เรื่องราวจบลงด้วยการที่คาวากิผนึกนารูโตะและฮินาตะไว้ตลอดกาล ขณะที่ทั้งโลกเชื่อว่าโฮคาเงะรุ่นที่เจ็ดได้เสียชีวิตไปแล้ว
